基础医学院前身为基础部，成立于1987年，是学校建校之初首批成立的两个系部之一，2011年更名为基础医学院。

目前，学院下设3个系，2个专业，21个教研室，1个实验教学中心。拥有中医学一级学科硕士学位授予点5个，国家中医药管理局重点学科2个，山西省重点扶持学科2个，省级精品资源共享课程5门。

学院拥有一支高水平的师资队伍。现有职工106人，其中享受国务院特贴专家2人，博士生导师4人，硕士生导师30人，教授17人，副教授41人，具有博士学位的中青年教师40人。

近年来，学院秉承“惟实厚基”院训，以教学、科研为中心，以人才培养为目标，以立德树人为根本，在教育教学、科学研究、人才培养等方面取得了丰硕成果。建院30年来，一直是学校最大的教学部门，可称之为建校之根本，教学之基石，系部之摇篮。